故事发生在2023年的中国,十五年前巨大不明生物体Maryway伪装成陨石袭击地球,奥特曼与米利尼安两位战士截击Maryway失败,怪兽坠落到日本海,地轴偏斜,引起巨大海啸,湮没日本岛及中国大陆部分沿海城市,地球气象剧变,十五年间超过1/3陆地沙漠化。而米利尼安则坠落到了甘肃敦煌月牙泉的沙漠,躯体被黄沙掩埋。15年后,地球军方受到神秘组织S指引成立BASE,果然新的巨型生命体再次来袭,当年坠落地球的米利尼安将自己附身于一个叫李千禧的年轻人身上,善良的李千禧是兰州游乐场的一名员工,但他并不知道自己体内存在米利尼安。当游乐场被怪物袭击的时候,危急之下引发了李千禧的变身能力,巨大的奥特曼出现在怪物和人类面前。不知情的人类以为奥特曼是另外一个怪物,绝望逃生中发现奥特曼是在帮助人类。奥特曼和怪兽,以及另一位黑色的奥特曼的战斗随即展开……
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